首先AE是特效軟件，FLASH是動畫制作軟件。

在操作上就有很多區別。

AE的MG是通過操控點來讓圖像扭曲。所以說，這個AE的MG也是要在PS或其他軟件里設計，再導入AE里制作，簡單圖形也可以直接AE做但是形式和工具就局限了。

而FLASH是3種動畫制作形式，逐幀，形狀變形，元件動畫，在制作上泛用性更好。

其次基于傳統動畫形式是要求很高的手繪能力，而AE基于傳統的形式，所以要繪畫能力很高，而FLASH的話因為動畫形式多，所以可以變通的也多，也就不是非要那么高的手繪能力。